Того сезону кияни навіть обігнали в турнірній таблиці маріупольський “Металург” – і лише через те, що резервна команда “Динамо” не має права підвищуватися у класі, маріупольці отримали право грати в найвищій лізі. Але саме цей факт і зіграв позитивно для Анікєєва. Тренерський штаб маріупольців на чолі з Миколою Павловим звернув увагу на захисника з табору команди, яка обійшла їх у турнірній таблиці. Вибір було зроблено – Павлов покликав Анікєєва до Маріуполя, у “Металург”. Як виявиться пізніше, Микола Петрович не прогадає і зробить з колишнього динамівця справжню леґенду приазовського футболу.
Довгий час і Павлов, і Анікєєв шукатимуть себе в маріупольській команді. Не в останню чергу і через нестабільний захист “металурги” будуть пропускати спочатку мало не в кожному матчі по два-три м’ячі. Однак весняна частина сезону 1997/1998 принесе свої плоди: маріупольці в Сімферополі відберуть очки у “Таврії”, переграють майбутнього учасника розіграшу Кубку володарів Кубків УЄФА столичний ЦСКА, зазнають поразки “Дніпро”, “Чорноморець”, “Ворскла”, і навіть “Шахтар” удома не зможе переграти азовців. Того сезону “металурги” і Анікєєв залишаться в найвищій лізі.
Новий сезон, 1998/1999, став для маріупольців історичним: команда посіла найвище, п’яте місце в найвищій лізі, залишивши позаду “Металіст” та ЦСКА. З тридцяти матчів у змаганнях Анікєєв відіграв 26 практично без замін. Далі маріупольці виступили дещо гірше – лише 8 місце в чемпіонаті, проте повторили кубковий успіх: і того сезону, 1999/2000, і минулого підопічні Павлова дійшли до 1/8 фіналу. Тоді ж Анікєєв забив і свій перший гол за маріупольців, який виявився і перший у найвищій лізі загалом – у матчі проти “Таврії”, який азовці виграли з рахунком 4:1.
Справжні успіхи для “Металурга” та Анікєєва прийшли в сезоні 2000/2001: футболіст провів 26 матчів з 30 взагалі без замін, а “Металург” дійшов у Кубку України до 1/2 фіналу, а в чемпіонаті України посів аж четверте місце. І лише рейтинґ України в УЄФА не дозволив маріупольцям тоді взяти участь у єврокубках – четверте місце тоді ще не давало такого права.
Наступні два роки (від 2001 до 2003) Анікєєв на совість відіграв в основі команди, проте в самого “Металурга” пішов спад: після тріумфального четвертого місця команда двічі обмежувалася лише тим, що закріплювалася в середині турнірної таблиці. Сам же Анікєєв до останнього грав у “Металурзі” практично без замін (став при цьому першим гравцем “Металурга”, який відіграв 100 матчів у найвищій лізі за цю команду) і “налітав” аж 168 поєдинків. До того ж, футболіст у сезоні 2002/2003 забив п’ять м’ячів, що виявилося найкращим показником на той час у найвищій лізі серед захисників. Та вже під час зимового антракту сезону 2003/2004 ухвалив рішення залишити Маріуполь. Хто знає, можливо, якби тоді він знав, що навесні за високий коефіцієнт чесної гри “Металургу” дозволять грати в Кубку УЄФА, він би й залишився в азовському краї.
Після “Металурга” Володимир Юрійович повернувся на батьківщину, до Києва, де відразу вдруге опинився у найвищій лізі чемпіонату України, а саме в “Арсеналі”, куди його запросив В’ячеслав Грозний. Одначе у весняній частині сезону 2003/2004 гравець просидів більше часу в запасі, відігравши лише у двох матчах.
Друге дихання у Анікєєва відкрилося в сезоні 2004/2005, коли під керівництвом Олександра Баранова він потрапив до основи “Арсеналу” і відіграв практично без замін аж 22 матчі, допомігши киянам міцно закріпитися в середині турнірної таблиці. Але потім поступово місце втратив. Ще спробував трішки пограти в листопаді-грудні сезону 2005/2006 при Олександрі Заварові, але врешті-решт узимку того ж року завершив кар’єру.
У 2009 р. склав іспити на отримання тренерської ліцензії класу “Б”, що дозволяє працювати з юнаками до 16 років – і зараз є дитячим тренером у структурі ФК “Динамо” (Київ).